Volgens de laatste tellingen heeft Indonesië in totaal 16.056 eilanden, variërend van de grote eilanden Nieuw-Guinea, Borneo en Sumatra tot duizenden kleine en miniscule eilandjes. Dit artikel bevat een overzicht van de 70 grootste eilanden.
De 70 eilanden in de onderstaande lijst zijn allemaal groter dan 500 km². Ter vergelijking: het oppervlakte van het grootste Nederlandse Waddeneiland (Texel) is 161 km². Op onderstaande kaart staan alleen de 30 grootste eilanden van het land aangegeven.

Kaartje van de top-30 van grootste eilanden van Indonesië.
1. Nieuw-Guinea

Nieuw-Guinea is het enige eiland van Indonesië waar gletsjers en eeuwige sneeuw voorkomen.
Het grootste eiland dat (gedeeltelijk) in Indonesië ligt is Nieuw-Guinea (in Indonesië Pulau Papua of Guinea Baru genoemd). Nieuw-Guinea heeft een oppervlakte van 785.753 km² en is daarmee het op een na grootste eiland ter wereld (na Groenland). Het eiland is ruim twee keer zo groot als Duitsland. De oostelijke helft van het eiland vormt het land Papoea-Nieuw-Guinea, terwijl de westelijke helft tot Indonesië behoort: de provincies Papoea en West-Papoea. Deze twee provincies vormen de regio met de laagste bevolkingsdichtheid van heel Indonesië, met gemiddeld 8 inwoners per km² (vergeleken met een gemiddelde van zo’n 130 inw/km² in heel Indonesië). Grote delen van het eiland bestaan uit ondoordringbare jungle, en het bevat ook een grote bergketen met de hoogste berg van Indonesië (Puncak Jaya, 4.884 m).
2. Borneo

De regenwouden van Borneo (Kalimantan) worden bedreigd door grootschalige ontbossing.
Het tweede eiland van Indonesië is Borneo. Ook dit eiland is maar gedeeltelijk Indonesisch: de zuidelijke 73% vormen de Indonesische regio Kalimantan (in het Indonesisch wordt de naam Kalimantan ook wel gebruikt voor het hele eiland). Het noorden van het eiland bestaat uit de Maleisische staten Sabah en Sarawah en het territorium Labuan, en het land Brunei. Het Indonesische deel bestaat uit de provincies Noord-, West-, Oost-, Zuid- en Centraal-Kalimantan. De totale oppervlakte van Borneo is 743.330 km² (het twee-na-grootste eiland ter wereld), waarvan zo’n 550.000 km² in de vijf Indonesische provincies. De regenwouden van Borneo behoren tot de bekendste ter wereld, die het leefgebied vormen van met uitsterven bedreigde diersoorten waaronder de Borneose orang-oetan, de Borneodwergolifant en de Borneose nevelpanter. Kalimantan is dichterbevolkt dan Papoea, en vooral langs de kusten zijn er enkele grote steden, waaronder Banjarmasin, Samarinda, Balikpapan en Pontianak met elk meer dan een half miljoen inwoners.
3. Sumatra

De met uitsterven bedreigde Sumatraanse tijger komt alleen nog voor in de nationale parken van Sumatra.
Sumatra (vaak ook gespeld als Sumatera) is het grootste eiland dat geheel in Indonesië ligt. Het heeft een oppervlakte van 473.481 km² en is daarmee het zesde eiland ter wereld (het eiland is net iets groter dan het land Zweden). Het is ook het eiland met de meeste provincies van Indonesië: acht (Atjeh, Noord-Sumatra, West-Sumatra, Riau, Jambi, Bengkulu, Zuid-Sumatra en Lampung). De provincies Riau-eilanden en Banka-Billiton worden ook vaak bij Sumatra gerekend, maar deze hebben alleen grondgebied op kleinere eilanden voor de oostkust van Sumatra. Op Sumatra bevinden zich 10 nationale parken, waarvan er drie samen het werelderfgoed ‘tropisch regenwoud van Sumatra’ vormen. De miljoensteden Medan, Palembang, Pekanbaru en Bandar Lampung liggen ook op het eiland.
4. Sulawesi

Rammang-Rammang, Zuid-Sulawesi.
Sulawesi (vroeger bekend onder de naam Celebes) heeft een oppervlakte van 180.681 km² en is het elfde eiland van de wereld. Het eiland is daarmee net iets kleiner dan Groot-Brittannië. Sulawesi bestaat uit zes provincies, namelijk Noord-, West-, Centraal-, Zuid- en Zuidoost-Sulawesi, en Gorontalo. Het eiland heeft een bijzondere vorm bestaande uit vier schiereilanden met in het midden een bergachtig gebied. Deze bergen zijn niet vulkanisch, maar op het noordelijke schiereiland bevinden zich wel enkele vulkanen. Verreweg de grootste stad van Sulawesi is Makassar met zo’n anderhalf miljoen inwoners.
5. Java

Java: enorme steden en hoge bevolkingsdichtheid zorgen voor veel files, zoals hier in Jakarta.
Java is qua oppervlakte het vijfde eiland van Indonesië en het dertiende van de wereld: met 138.794 km² is het eiland vier keer zo groot als Nederland. Met meer dan 140 miljoen inwoners is het het meest bevolkte eiland ter wereld. Java vormt het centrum van Indonesië: meer dan de helft van de Indonesiërs woont op Java en vier van de vijf grootste stadsregio’s zijn er gelegen: de hoofdstad Jakarta en Surabaya, Bandung en Semarang. Naast de uitgestrekte en dichtbevolkte steden heeft Java ook tientallen actieve vulkanen, vier van de acht werelderfgoedlocaties van Indonesië en 10 nationale parken. Het eiland bestaat uit zes provincies: West-, Centraal- en Oost-Java, Banten, de Speciale Regio Jogjakarta en de Hoofdstedelijke Regio Jakarta.
6. Timor

De zuidkust van Timor staat bekend om de kiezelstranden. De lokale bevolking zoekt de mooiste stenen om te verkopen voor tuindecoratie.
Na de ‘grote vijf’ eilanden hierboven, die tot de top-13 van de wereld behoren, volgt er een hele tijd niets. Nummer 6 op de lijst is Timor, met 30.777 km² net iets minder groot dan Nederland. Timor is met Nieuw-Guinea (#1) en Borneo (#3) een van de drie eilanden in deze lijst die Indonesië moet delen. De oostelijke helft van het eiland, plus een exclave aan de noordkust, vormt het land Oost-Timor (Timor-Leste). Oost-Timor was tot 1975 een kolonie van Portugal, werd toen een provincie van Indonesië, en werd uiteindelijk in 2002 onafhankelijk. Het westelijke deel van het eiland bestaat uit de Indonesische regio West-Timor, onderdeel van de provincie Oost-Nusa Tenggara. Aan de westkust ligt ook de provinciehoofdstad Kupang.
7. Halmahera

De baai van Jailolo aan de westkust van Halmahera.
Halmahera is met een oppervlakte van 18.040 km² het grootste eiland van de Molukken. Het eiland, gelegen in de provincie Noord-Molukken, heeft net als Sulawesi een bijzondere vorm met vier schiereilanden. Halmahera is dunbevolkt en heeft geen grote steden. Net voor de westkust liggen echter de kleine vulkaaneilanden Ternate en Tidore, die allebei wel een grotere stad herbergen. Aan de westkust van Halmahera ligt Sofifi. Dit stadje is qua inwoners nog klein is maar in 2010 is aangewezen als provinciehoofdstad van Noord-Molukken, dus het groeit momenteel snel. Op het eiland bevindt zich het nationaal park Aketajawe-Lolobata, dat belangrijk is voor de bescherming van endemische bedreigde vogelsoorten waaronder de Halmahera-ijsvogel en witte kaketoe.
8. Seram

Ora Beach Resort aan de kust van Seram.
Seram (vroeger gespeld als Ceram) ligt in de provincie Molukken, en is min of meer net zo groot als Halmahera: 17.454 km². Ondanks dat Seram veel groter is, ligt het in de schaduw van het naastgelegen eiland Ambon (#58), waar de provinciehoofdstad zich bevindt. Seram is veel minder dichtbevolkt dan Ambon en bestaat vooral uit bos- en landbouwgebied met kleine dorpen. De bevolking leeft vooral van de visserij en de landbouwproducten kokosnoot (en kopra) en sago.
9. Sumbawa

De grote krater van de Tambora, ontstaan door de uitbarsting van 1815, ligt er nu rustig bij.
Sumbawa is een van de twee hoofdeilanden van de provincie West-Nusa Tenggara, naast Lombok. Het eiland heeft een oppervlakte van 14.386 km², vergelijkbaar met het Belgische gewest Vlaanderen. Op Sumbawa bevindt zich de stad Bima met zo’n 150.000 inwoners, verder is het redelijk dunbevolkt. Het bekendst is het eiland van de vulkaan Tambora, die nu 2.722 m hoog is. De uitbarsting van de Tambora in het jaar 1815 was de zwaarste vulkaanuitbarsting in de moderne tijd. Door de uitbarsting werden alle bomen en planten op het eiland verwoest, de as van de vulkaan viel over een enorm gebied tot in West-Java, en zelfs op Sumatra werd de uitbarsting gehoord. De as in de atmosfeer leidde wereldwijd voor een paar jaar tot klimaatverandering en extreem weer. De Nederlandse auteur Philip Dröge schreef het boek De schaduw van Tambora over de uitbarsting en de gevolgen.
10. Flores

Luchtfoto van Kelimutu, waarop de verschillende kleuren heel duidelijk zijn
Flores ligt in de provincie Oost-Nusa Tenggara. Met 14.154 km² is het eiland ongeveer net zo groot als Sumbawa. De naam is aan het eiland gegeven door de Portugezen: ‘flores’ betekent ‘bloemen’. Er zijn geen grote steden op Flores, maar verspreid over het eiland zijn er meerdere stadjes, waarvan Labuan Bajo, Ende en Maumere de bekendste zijn. De laatste jaren komen er meer en meer toeristen naar Flores. Het eiland heeft twee absolute hoogtepunten: de drie gekleurde meren van de vulkaan Kelimutu, en het stadje Labuan Bajo in het uiterste westen van Flores. Labuan Bajo is het startpunt voor boottochtjes naar het nationaal park Komodo, waar de komodovaraan voorkomt.
11 t/m 20

De vulkaan Agung op Bali (#15).
Eilanden 11 t/m 20 op de lijst zijn tussen de 4.000 en 12.000 km² groot. Daarmee zijn deze eilanden ongeveer zo groot als een grote Nederlandse provincie (Gelderland is 5.000 km²) of als het Franse eiland Corsica (8.750 km²). Er zitten enorme verschillen tussen deze eilanden, van het toeristische Bali met meer dan 4,2 miljoen inwoners tot het zeer dunbevolkte Yos Sudarso met maar 11.000 inwoners.
### | Eiland | Provincie | Oppervlakte (km²) |
11 | Yos Sudarso (ook Dolak, vroeger Frederik Hendrikeiland) | Papoea | 11.742 |
12 | Banka (Bangka) | Banka-Billiton | 11.413 |
13 | Sumba (vroeger Sandelhouteiland) | Oost-Nusa Tenggara | 10.711 |
14 | Buru | Molukken | 8.473 |
15 | Bali | Bali | 5.416 |
16 | Lombok | West-Nusa Tenggara | 4.625 |
17 | Billiton (Belitung) | Banka-Billiton | 4.478 |
18 | Madura | Oost-Java | 4.429 |
19 | Buton | Zuidoost-Sulawesi | 4.408 |
20 | Nias | Noord-Sumatra | 4.048 |
21 t/m 30
Eilanden 21 t/m 30 op de lijst zijn tussen de 2.200 en 4.000 km² groot. Daarmee zijn deze eilanden zo groot als een gemiddelde Nederlandse provincie (Overijssel is 3.325 km²). De eilanden in deze categorie zijn vrij afgelegen en dunbevolkt, en de meeste hebben maar enkele tienduizenden inwoners. Enkel het eiland Muna is iets dichterbevolkt, met bijna 300.000 inwoners. Een gedeelte van Siberut vormt een nationaal park. Waigeo is onderdeel van de Raja Ampat-archipel, bekend voor het duiken en snorkelen.
### | Eiland | Provincie | Oppervlakte (km²) |
21 | Siberut | West-Sumatra | 3.829 |
22 | Wetar | Molukken | 3.600 |
23 | Yamdena | Molukken | 3.100 |
24 | Waigeo | West-Papoea | 3.060 |
25 | Taliabu | Noord-Molukken | 2.913 |
26 | Muna | Zuidoost-Sulawesi | 2.889 |
27 | Obi (of Obira) | Noord-Molukken | 2.542 |
28 | Peleng | Centraal-Sulawesi | 2.346 |
29 | Yapen (vroeger Japen) | Papoea | 2.278 |
30 | Morotai | Noord-Molukken | 2.266 |
31 t/m 40

Resort bij Misool (Raja Ampat), West-Papoea.
Eilanden 31 t/m 40 zijn ongeveer 1.600 tot 2.200 km² groot. Daarmee zijn ze ongeveer zo groot als het Canarische eiland Tenerife (2.000 km²) of de provincie Zeeland (1.800 km²). Ook de meeste eilanden in deze categorie zijn vrij afgelegen en dunbevolkt. Een uitzondering is Laut, dat net voor de kust van Zuid-Kalimantan ligt, en de hoofdstad van het regentschap Kota Baru bevat. Op het eiland Biak ligt met Biak-stad een van de grootste steden van Papoea. Het eiland Natuna Besar ligt in de Zuid-Chinese Zee: over het zeegebied ten noorden van Natuna heeft Indonesië een conflict met China. Net als Waigeo (nummer 24) zijn Misool en Salawati onderdeel van de Raja Ampat-archipel. Samen met Batanta (453 km²) vormen deze eilanden de ‘grote vier’ van Raja Ampat.
### | Eiland | Provincie | Oppervlakte (km²) |
31 | Trangan | Molukken | 2.149 |
32 | Alor | Oost-Nusa Tenggara | 2.120 |
33 | Laut | Zuid-Kalimantan | 2.057 |
34 | Misool | West-Papoea | 2.034 |
35 | Biak | Papoea | 1.904 |
36 | Batjan (Bacan) | Noord-Molukken | 1.900 |
37 | Simeulue (of Simalur) | Atjeh | 1.754 |
38 | Kobroor | Molukken | 1.723 |
39 | Natuna Besar (of Bunguran Besar) | Riau-eilanden | 1.720 |
40 | Salawati | West-Papoea | 1.623 |
41 t/m 50

Bintan trekt veel toeristen vanwege de nabijheid van Singapore.
Eilanden 41 t/m 50 zijn ongeveer 1.000 tot 1.600 km² groot. Daarmee zijn ze ongeveer zo groot als de kleinste Nederlandse provincie, Utrecht (1.400² km) en als het Griekse eiland Rhodos (1.400² km). Het bekendste eiland in dit rijtje is Bintan, dat net ten zuiden van Singapore ligt en de provinciehoofdstad van de Riau-eilanden bevat. Het eiland Rote is het meest zuidelijke relatief grote eiland van Indonesië. De eilanden Tebingtinggi, Rupat en Padang liggen allemaal vlak voor de kust van Sumatra, en Batu Ampar wordt door een heel smal water gescheiden van het vasteland van Kalimantan.
### | Eiland | Provincie | Oppervlakte (km²) |
41 | Tanahbesar (of Wokam) | Molukken | 1.604 |
42 | Tebingtinggi (of Rantau) | Riau | 1.598 |
43 | Karimun Besar | Riau-eilanden | 1.524 |
44 | Rupat | Riau | 1.490 |
45 | Lembata (of Lomblen of Kawela) | Oost-Nusa Tenggara | 1.270 |
46 | Mangole (of Mangoli) | Noord-Molukken | 1.229 |
47 | Rote | Oost-Nusa Tenggara | 1.227 |
48 | Bintan | Riau-eilanden | 1.173 |
49 | Padang | Riau | 1.109 |
50 | Batu Ampar | West-Kalimantan | 999 |
51 t/m 60
Eilanden 51 t/m 60 zijn ongeveer 700 tot 1000 km² groot. Daarmee zijn deze eilanden ongeveer zo groot als het grootste eiland van Nederland: de Flevopolder (970 km²). Het bekendste eiland in deze categorie is Ambon, dat met de stad Ambon ook de hoofdstad van de provincie Molukken bevat. Het eiland Karakelong is een van de noordelijkste van Indonesië, en het dichtstbijzijnde grotere eiland vanaf de Filippijnen.
### | Eiland | Provincie | Oppervlakte (km²) |
51 | Maya Karimata | West-Kalimantan | 992 |
52 | Bengkalis | Riau | 938 |
53 | Zuid-Pagai (Pagai Selatan) | West-Sumatra | 930 |
54 | Rangsang | Riau | 924 |
55 | Lingga | Riau-eilanden | 889 |
56 | Kabaena | Zuidoost-Sulawesi | 873 |
57 | Karakelong (of Karakelang) | Noord-Sulawesi | 846 |
58 | Ambon | Molukken | 775 |
59 | Singkep | Riau-eilanden | 757 |
60 | Pantar | Oost-Nusa Tenggara | 728 |
61 t/m 70
Eilanden 61 t/m 70 zijn zo’n 500 tot 700 km² groot. Dat is ongeveer zo groot als het Griekse eiland Korfoe (600 km²) of het Spaanse eiland Ibiza (570 km²). Alle eilanden in deze categorie zijn afgelegen en dunbevolkt. Het enige eiland met een regelmatige vliegverbinding is Sangihe Besar, met dagelijkse vluchten van Wings Air vanaf Manado. De overige eilanden zijn alleen bereikbaar door middel van (vaak lange en onregelmatige) boottochten, en in sommige gevallen een chartervlucht met een klein vliegtuigje.
### | Eiland | Provincie | Oppervlakte (km²) |
61 | Wawonii (of Wowoni) | Zuidoost-Sulawesi | 715 |
62 | Komoran (of Silam) | Papoea | 695 |
63 | Supiori | Papoea | 632 |
64 | Babar | Molukken | 632 |
65 | Sipora | West-Sumatra | 625 |
66 | Noord-Pagai (Pagai Utara) | West-Sumatra | 622 |
67 | Sanana (vroeger Soelabessie of Sula Besi) | Noord-Molukken | 558 |
68 | Sangihe Besar (of Sangir) | Noord-Sulawesi | 554 |
69 | Kai Besar (Groot-Kei, ook Nuhu Yuut) | Molukken | 550 |
70 | Adonara | Oost-Nusa Tenggara | 509 |
Borneo is groter de nieuw-guinea
Nee hoor, Nieuw-Guinea is groter dan Borneo. Het Indonesische deel van Borneo (Kalimantan) is wel groter dan het Indonesische deel van Nieuw-Guinea (Papoea).